کمبود منابع مالی، محدودیت اصلی سازمان‌ها را تشکیل می‌دهد که برای مواجهه با آن توجه مداوم به برنامه‌ریزی و تخصیص منابع به امری ضروری تبدیل شده و بودجه و بودجه‌ریزی ابزار تحقق این اهداف در سازمان‌ها به‌ شمار می‌رود.

از اهم وظایف اداره برنامه ‌و بودجه استان خوزستان می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

۱- تهیه و تنظیم برنامه و بودجه پیشنهادی استان در چارچوب بخشنامه برنامه و بودجه

۲- ابلاغ برنامه ‌و بودجه تصویبی به واحدهای تابعه استان در چارچوب اصول و موازین برنامه و بودجه

۳- کنترل و نظارت بر اعتبارات و صورت مقایسه درآمدهای وصولی و هزینه‌های انجام گرفته با اعتبارات مصوب یا تخصیصی

۴- ارسال اطلاعات و گزارش‌های مورد نیاز به اداره کل برنامه ‌و بودجه سازمان

۵- تهیه گزارش عملکرد سالانه استان و تطبیق آن با برنامه ‌و بودجه مصوب

در حال حاضر بودجه‌ریزی استان‌ها مبتنی بر فصول چهارگانه و بیست ماده‌ای سازمان است که با تعیین اهداف و استراتژی‌های نوین سازمان در مسیر حرکت از بودجه‌ریزی سنتی به بودجه‌ریزی عملکرد محور منطبق با ماهیت و نوع عملکرد مراکز درمانی پیش می‌رود. تهیه و تنظیم بودجه استان‌ها بر اساس شاخص‌های اثرگذار بر منابع و مصارف از سوی سازمان مدیریت و برنامه ‌و بودجه کشور با درصد رشد مشخص ابلاغ می‌شود. در حال حاضر بودجه در مراحل مختلف تنظیم، تصویب، اجرا و نظارت، وابستگی کامل به اطلاعات سیستم حسابداری دارد.

میزان پیش‌بینی دقیق و مناسب بودجه بر اساس واقعیت‌ها، منابع و مصارف موجود هر استان و عوامل تأثیرگذار در پذیرش بودجه انجام شده و ابلاغ بودجه و نیز بررسی عملکرد واحدها نسبت به بودجه اختصاص یافته سالانه از سوی واحد بودجه پیگیری می‌شود. به این ترتیب، هر ماه پس از دریافت اطلاعات مالی و تأیید صورتحساب و صورت مقایسه مراکز، بودجه به صورت مستمر توسط اداره برنامه ‌و بودجه مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفته و در صورت درخواست واحد و اعلام نیاز، نسبت به ترمیم بودجه و جلوگیری از ایجاد انحراف از اعتبارات تخصیصی، اقدام می‌شود.

مدیریت درمان استان‌ها موظفند در چارچوب اعتبارات تخصیصی به گونه‌ای اقدام کنند که تعادل بین درآمدها و هزینه‌ها ایجاد شود. درآمد در بخش درمان سازمان تأمین‌اجتماعی شامل درآمد وصولی در ازای ارائه خدمات تشخیصی و درمانی سرپایی و بستری به غیر بیمه‌شدگان سازمان تأمین‌اجتماعی و سایر مؤسسات و ادارات دولتی و غیردولتی، بیمه‌های تجاری است که وصول می‌شود. این درآمد می‌تواند در راستای انجام عملیات و فعالیت‌هایی - که هنگام صدور مجوز مواد مصرف هزینه، تعیین شده - برای مصارف خاص هزینه شود.

تخصیص اعتبار عبارت است از تجویز استفاده از مبالغ معینی از اعتبارات مصوب سالانه در دوره‌های زمانی مشخص (سه ماهه) برای تأمین هزینه‌های اجرای برنامه که پس از تأیید در شورای تخصیص اعتبار ستاد مرکزی به تصویب رسیده و توسط معاونت برنامه‌ریزی، مالی و پشتیبانی به استان ابلاغ می‌شود. از آنجایی که تخصیص بر اساس منابع مالی سازمان تنظیم می‌شود و از طرفی منابع سازمان محدود است، بعضاً هزینه‌های جاری بیش از تخصیص اعتبارات رقم می‌خورد که این مسأله استان را با چالش مواجه می‌کند.

بودجه استان با توجه به تنظیم بودجه سالانه و مورد درخواست در فصول بودجه از سوی ستاد مرکزی در دوره‌های تخصیص حسب نظر کمیته و شورای تخصیص سازمان به استان‌ها ابلاغ می‌شود.