افزایش کارایی در ارائه خدمات بهداشتی و کاهش هزینه‌های درمان، از مزایای مهم نظام سلامت الکترونیک به شمار می‌رود؛ چنانچه سلامت الکترونیک به گونه‌ای جامع تشکیل شود، به نحوی که ارتباط بین‌بخشی در آن تحقق یابد، مانع از دوباره کاری در امور تشخیصی به ویژه انجام معاینات غیرضروری می‌شود. برای مثال فردی که به تازگی آزمایش‌های درمانی را انجام داده و اقدامات بالینی و تشخیصی برای او ایجاد شده است، چنانچه اطلاعات پزشکی وی در نظام سلامت الکترونیک ثبت شود، دسترسی جامع به این اطلاعات فراهم شده و نیاز به تکرار معاینات وجود نخواهد داشت و این کارایی از موارد بسیار مهم است.

بهبود کیفیت مراقبت‌های بهداشتی از دیگر مزایای این سیستم به شمار می‌رود؛ در قالب سلامت الکترونیک، این امکان به وجود می‌آید تا کاربران بتوانند خدماتی را که دریافت می‌کنند، ارزیابی و بر اساس آن تصمیم‌گیری کنند که چه مراکزی دارای کیفیت بهتری هستند و خدمات مطلوب‌تری ارائه می‌دهند؛ در نتیجه، دست‌یابی به خدمات مطلوب مانع از پرداخت هزینه‌های چندباره و مختلف می‌شود.

توان‌مندسازی مراجعه کننده‌ها برای اتخاذ تصمیم‌های درمانی نیز از دیگر مزایای طرح است؛ اگر منابع اطلاعتی در نظام سلامت الکترونیک به گونه‌ای ارائه شود که به سمت پزشکی متمرکز پیش رویم، فرصت دستیابی به یک تصمیم مناسب فراهم می‌شود. ترغیب به مشارکت یکی دیگر از مزایا به شمار می‌رود؛ وقتی تعامل خوب و ارتباط مناسب بین پزشک و بیمار و در مجموع بین بیمار و کادر درمان ایجاد شود، فرصت مناسب برای اتخاذ تصمیم‌های مناسب درمانی از طریق این مشارکت فراهم می‌شود.

بحث آموزش نیز مزیت دیگری است؛ آموزش از منظر دوسویه بودن مورد توجه قرار می‌گیرد؛ به این معنا که تنها آموزش بیمار یا مراجعه کننده، مطرح نیست؛ بلکه آموزش ارائه دهندگان خدمات سلامت هم مهم است و ضرورت برخورداری از آموزش در ارتباط با سلامت الکترونیک وجود دارد. همچنین ظرفیت سازی برای تبادل اطلاعات از مباحث مهم دیگر طرح به شمار می‌رود؛ مراکز بهداشتی، بیمارستان‌ها و سایر مراکز باید به یکدیگر اتصال داشته باشند و این ظرفیت به گونه‌ای مناسب در مراکز وجود داشته باشد.

یکی دیگر از مزایای مهم نظام سلامت الکترونیک، بحث عدالت است؛ در این نظام، باید محدودیت‌هایی که برای برخی از افراد نسبت به دسترسی به زیرساخت‌های فنی نظام سلامت الکترونیک، وجود دارد، از بین برود. اگر در یک جامعه زیرساخت مناسب طرح وجود نداشته باشد، قاعدتا سواد رسانه‌ای و سواد سلامت هم با محدودیت‌هایی مواجه می‌شود و در نتیجه این امکانات باید فراهم شود تا افراد بتوانند از این امکانات بهره‌مند شوند.