در ایران اسناد بالادستی ازجمله سیاست‌های ابلاغی اصل (۴۴) قانون اساسی، برنامه‌های پنج‌ساله توسعه اقتصادی و... همواره حوزه کسب‌وکارهای دانش‌بنیان را برای توسعه اقتصادی کشور ضروری دانسته‌اند. با این حال هنوز این شرکت‌ها برای موفقیت و رشد پایدار با نبود قطعیت‌ها، ریسک‌ها و چالش‌های ریز و درشت متعددی روبه‌رو هستند. از اصلی‌ترین دارایی‌های شرکت‌های دانش‌بنیان، دارایی‌های نامشهود است. این مسئله نیز با مشکلات متعددی در زمینه ارزیابی ارزش واقعی آن توسط ارزیابان و نبود اعتماد و اعتباردهی نهادهای مالی و مراجع قانونی به ارزش واقعی این دارایی‌ها مواجه است.

برخی مواقع دارایی نامشهود از اصلی‌ترین و با ارزش‌ترین دارایی‌های ‌یک شرکت دانش‌بنیان محسوب می‌شود و بهره‌گیری از مالکیت معنوی چنین دارایی‌هایی در مراجع قضایی، نهادهای مالی و سایر مراجع قانونی به صورت ضمانت، وثیقه و غیره تأثیر بسزایی در ادامه حیات و رشد و توسعه این شرکت‌ها خواهد داشت. از دیگر مشکلات در سطح کلان دانش‌بنیان‌ها حوزه صادرات، واردات و توسعه کسب‌وکار ملی و بین‌المللی است. در این خصوص می‌توان به واردات کالاهای مشابه ساخت داخل اشاره کرد.

مشکلات و طولانی‌شدن فرآیند ترخیص کالا همچون تجهیزات خط تولید و یا تجهیزات آزمایشگاهی، نبود متولی مشخص برای اندازه‌گیری، گزارش‌دهی و پایش منظم حجم صادرات دانش‌بنیان، فقدان تحقیقات کافی بازاریابی در حوزه‌های بین‌المللی، وجود رقابت پیچیده در سطح بین‌المللی و گاهی توانمندی پایین تولیدات داخل برای رقابت در این بازارها از دیگر مشکلات این حوزه به شمار می‌رود. همچنین یکی از چالش‌های شرکت‌های دانش‌بنیان تأمین سرمایه و نقدینگی است؛ زیرا دریافت تسهیلات در بسیاری مواقع راه‌حل مناسبی برای این شرکت‌ها محسوب نمی‌شود به سبب آنکه بازپرداخت تسهیلات با نرخ سود بالا و تأمین وثایق جهت ضمانت برای شرکت‌های دانش‌بنیان که بعضاً بنگاه‌های متوسط و کوچک هستند بسیار دشوار است.

به همین دلیل در حال حاضر بازار سرمایه نقش مهمی در به‌کارگیری نقدینگی‌های راکد و جذب آن در تأمین منابع مالی مورد نیاز طرح‌های مهم، راهبردی و نوآورانه شرکت‌های دانش‌بنیان دارد. از طرفی این شرکت‌ها عموماً واحدهای تحقیق و توسعه قوی دارند و محصولات و خدمات آن‌ها در حوزه رقابت با بازارهای داخلی و خارجی صاحب‌امتیاز هستند. همچنین تأمین مالی آن‌ها از طریق بازار سرمایه شرایط تحقق اهداف نوآورانه، مقاومت در برابر نوسانات بازار و حتی گسترش فعالیت‌های تحقیق و توسعه‌شان را فراهم می‌کند.

این امر به خودی خود منجر به رشد اقتصادی، کاهش تبعات و تأثیرگذاری تحریم‌ها به‌خصوص در جهت تأمین اقلام راهبردی مورد نیاز صنایع می‌شود. قابل درک است که انواع ابزارهای بازار سرمایه اعم از ابزارهای تأمین مالی بلندمدت، ابزارهای مدیریت دارایی، ابزارهای ویژه مدیریت خطر و... در جهت کاهش ریسک نوسانات بازار بوده و در دسترس تمام علاقه‌مندان به سرمایه‌گذاری به‌ویژه در حوزه دانش‌بنیان است.

علاوه بر موارد فوق سرمایه‌گذاران و سهام‌دارانی که تمایل به ریسک بیشتر دارند، می‌توانند با سرمایه‌گذاری در بازار نوآفرین بر روی شرکت‌های دانش‌بنیان، خلاق و نوآور، شرکت‌های حوزه اقتصاد دیجیتال و شرکت‌های سهامی عام که پیش‌تر در بازارهای کوچک و متوسط پذیرش شده‌اند و یا شرکت‌های فعال در صنایع جدید با ریسک بالا سرمایه‌گذاری کنند. بدیهی است سرمایه‌گذاران با تقبل ریسک بالاتر، در بسیاری موارد از رشد بالای ارزش سهام این شرکت‌ها در بازار سرمایه برخوردار می‌شوند. معاونت علمی و فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست‌جمهوری نیز همواره نقش کلیدی در توسعه زیست‌بوم نوآوری و فناوری کشور ایفا می‌کند. اتخاذ انواع سیاست‌های حمایتی و تأثیرگذار این معاونت همچون تدوین قانون جهش تولید دانش‌بنیان و آیین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌های آن ازجمله تأثیرگذارترین گام‌های برداشته شده در این مسیر هستند.