سازمان تأمین‌اجتماعی در راستای یکسان‌سازی و صحه‌گذاری آزمایشگاه‌های ملکی خود، اقدام به تأسیس آزمایشگاه مرجع کرده است. این مرکز در سی‌ام فروردین‌ماه سال ۱۳۸۵ مصادف با روز «علوم آزمایشگاهی» افتتاح شد. از سال ۱۳۸۶ «آزمایشگاه مرجع سلامت» به عنوان نماینده قانونی وزارت بهداشت در امر نظارت بر فعالیت آزمایشگاه‌های تشخیص پزشکی، اجرای برنامه‌های «ارزیابی خارجی کیفیت» در مراکز آزمایشگاهی ملکی سازمان تأمین‌اجتماعی را به آزمایشگاه مرجع این سازمان واگذار کرد.
